Das Problem des jeweils separaten Serververzeichnisses für Desktop- und Mobile-Design bestünde nicht bei Verwendung eines voll responsiven Designs, wie von Conny (Mesa) und Thomas (Bootstrap 3, Vertika) angeboten. 
Übrigens führen Plugins wie Gästebuch usw. bekanntermaßen zum gleichen Problem. Das Ergebnis sind jeweils zwei separate, voneinander völlig unabhängige Gästebücher. Bei Beibehaltung dieses ziemlich eigenwilligen Konzepts (Siquando nennt es Dynamic Delivery) ist das Problem - oder eher gesagt Fehlverhalten - auch nicht lösbar.
Aus diesem Grunde habe ich das Plugin Gästebuch von w2d früher auch nie benutzt, sondern lieber auf eine Dritt-Lösung gesetzt.
Off-Topic:
Das Plugin Zugriffszähler braucht eigentlich auch kein Mensch. Wenn der Webmaster Zugriffszahlen ermitteln möchte, sollte er besser Google Analytics oder Piwik einsetzen. Beides zählt Zugriffe quasi nebenbei und kann darüberhinaus noch sooo vieles mehr. 