Rein SEO-technisch ist es weder von Vorteil noch von Nachteil, ob Deine URLs dieses /content beinhalten oder nicht. Google & Co. interessiert dies nicht.
Wenn Du frisch von w2d oder Siquando Web auf Pro Web umsteigst, ist es von Vorteil, das /content nicht zu verwenden. In diesem Fall kannst Du in Pro Web quasi genau die selben URLs verwenden wie vorher. Andernfalls müßtest Du Deine .htaccess mit entsprechenden Redirect 301 Anweisungen erweitern, welche Deine alten URLs (ohne /content) auf die neuen URLs (mit /content) umleiten. Dies kannst Du Dir nach Entfernung des /content natürlich sparen.
Das heute erschienene Pro Web Update Build 1580 bietet in Project Central eine Option an, die Generierung des Ordners /content zu unterbinden. In der Hilfe dazu äußert sich Siquando wie folgt:
Der Ordner "Content"
Um eine maximale Kompatibilität mit verschiedenen Providern zu erreichen, liegen Navigationspunkte in einem Ordner "content". Somit ergäbe sich für den Unterordner "pudel" die URL www.meinedomain.de/content/pudel/. Sollten Sie nicht wünschen, dass "content" ein Teil der URL wird, können Sie diese Option deaktivieren. Es ist jedoch nicht sicher gestellt, dass dies bei jedem Provider funktioniert.
Es wird empfohlen, die Option im Zweifelsfall aktiviert zu belassen.
Auf meiner privaten Website, welche bei All-Inkl.com gehostet ist, tritt übrigens keinerlei Problem bei Deaktivierung des /content Ordners auf. Ich habe das Update direkt heute abend eingespielt und dabei auf den Ordner bewußt verzichtet.