Hoi Micha
Wie Du richtig erkannt hast, werden die Keywords vererbt, sofern man nichts anderes eingibt und dies "übersteuert"...
Die Keywords werden in der navigation.ccml hier
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<meta name="keywords" lang="<cc:print value="&site.metalang">" content="<cc:print value="&page.content.metakeywords">" />
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aus
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<cc:print value="&page.content.metakeywords">
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generiert.
Auch nach Jahren mit W2D/Siquando konnte ich leider noch nicht alle Logiken/Geheimnisse um "&page" lüften...
...und somit kann ich Dir auch keine "beste Lösung", sondern nur einen "Workaround" anbieten.... 
Wenn Du Dir in der config.ccml eine erweiterte Eigenschaft erstellst, also z.B. so...
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<cc:property id="design.mykeywords" caption="Meine Keywords für diese Seite" folder="SEO" targettype="topic" type="text" default="">
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...dann kannst Du Deine Keywords in den erweiterten Eigenschaften jeder Seite angeben und den verantwortlichen Abschnitt in der navigation.ccml austauschen...
Dies machst Du, indem Du den verantwortlichen Abschnitt
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<meta name="keywords" lang="<cc:print value="&site.metalang">" content="<cc:print value="&page.content.metakeywords">" />
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in der navigation.ccml austauschst...
Und zwar entweder gegen diesen Abschnitt...
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<cc:if cond="&topic.properties.design.mykeywords">
<meta name="keywords" lang="<cc:print value="&site.metalang">" content="<cc:print value="&topic.properties.design.mykeywords">" />
</cc:if>
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...und hierbei wird der meta-tag nur angezeigt, wenn Du in den erweiterten Eigenschaften ein oder mehrere Keywords angegeben hast...
...oder sonst gegen diesen Abschnitt...
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<meta name="keywords" lang="<cc:print value="&site.metalang">" <cc:if cond="&topic.properties.design.mykeywords">content="<cc:print value="&topic.properties.design.mykeywords">"<cc:else>content=""</cc:if> />
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...und hierbei wird der meta-tag immer ausgegeben, allerdins leer, wenn Du keine Keywords angegeben hast...
Verwende also je nachdem, was "Deinem SEO-Checker Deines Vertrauens" besser passt... 
